Аналогично, если бы имели в пробах более 3 видов (а так оно обычно и случается), например, 30, то теоретически можно было бы найти 30 главных компонент. Но очевидно, что каждая новая главная компонента объясняла бы все меньшую долю общей дисперсии. Поэтому на практике обычно ограничиваются лишь двумя-тремя компонентами, и обычно этого оказывается достаточно, поскольку в сумме по этим осям объясняется большая часть дисперсии. Каких-то универсальных рекомендаций по поводу того, сколько главных компонент рассчитывать нет – все определяется числом видов в пробах и задачами исследований. Но все же можно считать, что если новые оси в сумме объясняют 70-75% дисперсии, то их вполне достаточно для описания всей структуры данных. Как же интерпретировать величины дисперсии, объясняемые главными компонентами на практике? Дело в том, что если исследователю удается найти главные компоненты, объясняющие большую часть общей дисперсии, он может отождествить эти компоненты с вполне реальными факторами. При этом чем больше доля дисперсии, объясняемая главной компонентой, тем больше влияние сопоставляемого ей фактора. Предположим, что на рисунке представлен результат анализа главных компонент для данных о структуре макрозообентоса в реке, которая подвергается химическому загрязнению. Пусть исходная матрица данных содержит 11 проб, в которых было найдено 120 видов. Пробы соответствуют годам, в течение которых проводили наблюдения (с 1963 по 1973 гг.). Мы ограничились двумя осями, поскольку в сумме они объясняют, скажем, 68% общей дисперсии точек, причем первая компонента объясняет 65% дисперсии. Видно, что 71-й и 72-й годы вдоль РС1 стоят на этом графике особняком, в то время как остальные точки стоят ближе друг к другу и, следовательно, различаются меньше. На основании приведенных результатов можно сделать вывод о том, что на протяжении большего периода наблюдений структура сообщества оставалась примерно одинаковой, однако с 70-го по 72-й годы в сообществе произошли существенные изменения, которые сгладились к 73-му году. Поскольку первая главная компонента объясняет большую часть общей дисперсии, по-видимому, подобные изменения были связаны с каким-то одним фактором. И действительно, подробно проанализировав имеющиеся сведения, мы узнаем, что именно с 70-го по 72 годы объемы загрязненных сбросов в реку были наибольшими. Таким образом, наблюдающиеся межгодовые различия в структуре макрозообентоса реки обусловлены интенсивностью ее химического загрязнения.