Изначально RBP были основаны на анализе структуры сообществ макрозообентоса. Однако впоследствии были разработаны также протоколы биоиндикации на основе сообществ фитоперифитона и рыб. Почему же из всех экологических группировок зообентос наиболее часто используется для целей биоиндикации? Причин этому несколько: 1) Многие представители бентоса обладают ограниченными способностями передвижения или вообще ведут прикрепленный образ жизни. Поэтому изучение структуры бентоса имеет высокое пространственное разрешение. 2) Макробеспозвоночные накапливают кратковременные эффекты залповых сбросов поллютантов, что отражается в структуре их сообществ. 3) Крупные таксоны представителей бентоса достаточно легко поддаются определению. Специалисту достаточно даже беглого знакомства с пробами. Более того, многие чувствительные к загрязнениям организмы можно легко определить до вида. 4) Бентосные сообщества включают виды, значительно различающиеся по чувствительности к загрязнению и относящиеся к разным трофическим уровням. Это облегчает интерпретацию получаемых данных. 5) Отбор проб бентоса относительно прост, не требует большого числа людей и дорогих приборов. Кроме того, бентосные организмы в большинстве водоемов обладают высокой численностью и не являются хозяйственно ценными или уникальными объектами, и поэтому отбор проб оказывает незначительный ущерб окружающей среде. 6) Бентосные животные служат пищей для рыб, в состав которых входят и многие хозяйственно ценные виды. 7) Макрозообентос традиционно используется для целей биоиндикации (см. выше). Для многих водоемов есть многолетние мониторинговые данные, позволяющие проводить соответствующие сравнительные исследования. Использование других экологических группировок гидробионтов для биоиндикации качества вод: Фитоперифитон: 1) Подавляющее большинство водорослей имеют короткий жизненный цикл, что делает их ценными индикаторами кратковременных негативных воздействий. 2) Будучи первичными продуцентами, водоросли в наибольшей степени подвергаются воздействию физических и химических факторов. 3) Как и в случае с зообентосом, отбор проб перифитона прост, дешев, не требует большого числа людей и не причиняет большого ущерба резидентной биоте. 4) Существуют стандартные методы оценки функциональных и не-таксономических структурных параметров водорослевых сообществ (биомасса, концентрация хлорофилла). 5) Водоросли чувствительны к некоторым поллютантам, которые не оказывают значительного влияния на других гидробионтов (например, гербициды). Рыбы как биоиндикаторы: 1) В связи с тем, что рыбы – подвижные и долгоживущие организмы, они хорошо отражают долговременные изменения качества воды на большом протяжении реки. 2) В сообщества рыб обычно входят представители разных трофических уровней. В связи с этим они отражают «здоровье экосистемы» в целом. 3) Рыбы, находясь на вершине пищевой пирамиды, входят в рацион человека, что также делает их важными индикаторными организмами. 4) Рыб достаточно легко отловить и определить до вида. Большинство из них могут быть определены специалистом прямо в «поле», и тут же выпущены обратно в водоем.